2013年4月，上海植物园荣获“2011-2012年度上海市绿化和市容管理局文明单位”称号。
2012年，上海植物园荣获“2012年度上海市平安示范单位”称号。
2012年12月，上海植物园获得“2012年度徐汇区企事业单位治安保卫先进集体”称号。
2012年12月，我园获得“2012年度上海市科普教育基地先进集体”称号。
2011年，上海植物园荣获“2011年度科普创新工作先进集体”称号。
2011年12月，我园获得“2011年度上海市科普教育基地先进集体”称号。
2011年12月，我园作品木本梅斯菊（Mestoklema arboriforme）和毛叶刺核藤（Prncantha kaurabassana），在中国-日本仙人掌和多浆植物精品展中获金奖。
2011年12月，上海植物园荣获“国家AAAA级旅游景区”称号。
2011年11月1日，我园在嘉兴举办的第四届中国菊花精品展中，获得室外景点布置最佳布展奖、盆景菊最佳栽培奖和展台最佳布展奖。
2011年7月，上海植物园荣获“中国生物多样性保护与绿色发展示范基地”称号。
2011年7月15日—19日，我园在西安世园会国际仙人掌与多肉多浆植物竞赛展览中，荣获3个奖项，分别为银奖、特别展示奖和特别栽培奖。
2010年7月19日，上海科技馆举行了2011年全国科技活动上海科技节总结表彰会，我园荣获“2011年全国科技活动周上海科技节贡献奖”。
2010年，上海植物园成功获得2010-2014年“全国科普教育基地”称号。
2010年，我园科研成果“长江中下游流域湿热环境条件下花灌木选育关键技术及其应用体系”项目获2010年上海市科技进步三等奖。
2010年12月，我园获得“2010年度上海市科普教育基地先进集体”称号。
2010年5月2日—4日，我园选送的“乳突球组合”在第二届杭州（国际）多浆花卉博览会中获得特等奖。
2009年，我园科研成果“城市特殊环境绿化的植物资源选育及应用技术”项目获2009年度上海市科技进步奖二等奖。
2009年12月，我园获得“2009年度上海市科普教育基地先进集体”称号。
2009年4月18日，我园选送的杜鹃花获得第七届中国杜鹃花展览银奖（富贵锦）、铜奖（皇冠）。
2009年3月30日，上海植物园辰山引种项目部获得二〇〇八年度上海市重点工程实事立功竞赛绿化林业赛区先进集体称号。
2008年12月17日，上海植物园获得由上海市精神文明建设委员会办公室授予的“上海市文明公园”荣誉称号。
2008年5月22日，在北京植物园举办的第三届月季花展会中，我园选送的“奥运之花”大红球荣获盆栽金奖，橙黄花的“东方之子”获新品种金奖。
2006年，科研成果“生态建筑关键技术研究与系统集成”项目获2006年上海市科技进步一等奖。
2005年12月22日，我园获得上海市科普教育基地联合会颁发的“上海市未成年人生态道德教育先进单位”称号。
2005年11月3日，在05’厦门国际仙人掌与多肉植物展中，我园品种锦葵叶刺核藤获大奖，品种单刺大戟、浓云获铜奖。
2005年10月19日，上海科委世博专项的子课题“生态建筑关系技术研究与交流集成中生态建筑绿化配置技术研究”通过验收。该课题还获得建设部“上海市建筑科学研究院建筑环境研究中心办公楼”项目全国绿色建筑创新一等奖（排名10）；“国家2005年度十大建筑成就奖”（排名6）；示范点——莘庄生态示范楼获2004年建设部“首届全国绿色建筑创新奖综合奖”一等奖。
2005年9月23日，在南京的举办的首届中国绿化博览会中，我园盆景作品“高风亮节”获金奖，“烟雨飘然”获银奖，“老当益壮”获铜奖。同时，还获得首届“中国绿化博览会”上海展区建设添光彩荣誉证书。
2005年9月3日，我园盆景“搏击长空”在第八届亚太地区盆景赏石会议暨展览会上，获得佳作奖。
2004年，我园在第八届中国菊花展的插花、菊花品种等项目中，获得金奖5枚，银奖3枚，铜奖2枚。
2004年10月，我园在第六届全国盆景展中，获得传世佳作奖1枚，大奖1枚，金奖1枚，银奖1枚，铜奖1枚。
2003年12月19日，上海植物园获得2003年度上海“诚信在线企业”称号。
2003年10月27日，我园被中国生物多样性保护基金会授予“中国生物多样性保护示范基地”称号。
2003年5月，我园盆景作品获“中国金华海峡两岸盆景精品展”二等奖。
2003年5月26日，我园获得（2001-2002）绿化先进集体称号。
2001年，我园“上海高架路下适生植物选择的研究”、“阳台绿化及配套技术研究”课题经评审，获二OOO年度上海市绿化管理局科技进步三等奖。
2001年，在广州举办的第四届中国国际园林花卉博览会中，我园获得金、银、铜奖各一个。
2001年10月，在苏州举办的第五届全国盆景展中，我园共有19盆盆景作品参展，获得金奖3个，银奖2个，铜奖4个。
2000年5月28日，我园被授予新千年“六一”好去处奖牌。本次活动由少年队上海市工作委员会、上海红领巾理事会举办。
1999年11月24日，“99昆明世界园艺博览会”所有奖项评出。我园获得60个奖牌，其中大奖3个，金奖9个。
1997年10月31日，亚太地区第四届盆景、赏石会议暨展览会在我园举行。我园树桩盆景“横云”、“迎客松”获金奖，占金奖总数的1/3，获银奖数达4件。
1994年3月5日，我园在美国波士顿举办的“1994年英格兰春季花展”上，获得水石盆景金奖。
1991年11月，我园菊花在“1991年上海菊花展览”中获一等奖4个、二等奖6个、三等奖5个。
1991年5月，我园在天津举办的“中国盆景艺术流派作品（邀请）展览会”上，获优秀布展艺术奖、继承传统奖1枚、艺术创新奖1枚、佳作奖6枚。
1991年4月，我园在洛阳举办的“中国盆景、插花、根艺、石玩展览会”上，获牡丹杯盆景大奖三个、牡丹杯优秀奖三个。
1991年3月，我园在浙江绍兴举办的“第二届中国春季兰花博览会”上，获金奖一枚、银奖一枚。
1991年2月1日，本园送展品种“深桃宝珠”获第二届中国茶花展览优秀品种奖。
1990年10月18日，我园参加大阪花与绿博览会，送展100盆盆景，共获27枚奖牌，其中优秀奖（单项最高奖）4枚，金奖2枚，银奖10枚，铜奖11枚。
1990年2月，我园参加在福建厦门举行的全国兰花展览，获金奖、银奖各一枚。
1989年11月2日至26日，在“89上海市菊花展览”中，我园的独本菊获10个评奖品种中的7个第一名、2个第二名；多头菊获1个第一名，1个第三名。另外悬崖菊、菊艺获2个第二名。在参展的品种菊中，被选送到杭州代表上海参加全国菊展的有10盆，评比结果，获2个全国第一名。
1989年9月25日，在中国花卉盆景协会主办的“第二届中国盆景评比展览”中，我园参展的盆景获12项奖:一等奖3项，二等奖4项，三等奖5项。
1988年6月23日—7月17日，在英国“1988年格拉斯哥国际园艺节”展览上，我园共有134盆盆景参展，并荣获二枚大金奖( 一枚是授予中华人民共和国的特殊造型和布置奖，一枚是授予上海植物园的盆景作品大金奖)，大金奖纪念章二枚，奖状两张，水晶花瓶一只。
1987年4月28日—5月7日，在中国花卉协会主办的“第一届全国花卉博览会”上，我园展品获团体总分优胜奖、突出表现奖，得奖杯一座。盆景佳作奖七项，盆景表扬奖九项。
1985年9月—10月，在第二届全国盆景评比中，我园获13项奖:一等奖三项，二等奖三项，三等奖七项。
1982年5月，本园盆景在荷兰阿姆斯特丹市举办的国际花展上，获二枚大金奖、四枚银奖。
1980年5月，我园组团参加加拿大蒙特利尔国际园艺展览会，本园展区获得第五名。
1979年10月，我园盆景在西德波恩举行的第15届联邦德国园艺展览会上荣获大金质奖章一枚，小金质奖章三枚。这是我园盆景首次在国外获奖。